وهاجم مرشح الرئاسة في انتخابات الرئاسة عام 1999م من أسماهم بـ"نظام الحكم اليساري الطفولي" الذي نشأ في 22 يونيو1969 (يوم الانقلاب على أبيه الرئيس قحطان الشعبي آنذاك) بأنه حوّل تسمية "جمهورية اليمن الجنوبية الشعبية" إلى "جمهورية اليمن الديمقراطية الشعبية" تكريساً منه للانفصال القائم بين شطري اليمن, حسب وصفه, فلم تعد الدولة في جنوب اليمن تمثل في نظر اليسار الطفولي منطقة جنوب اليمن فقط بل صارت تمثل اليمن كلها جنوباً وشمالاً, حسبما أضاف.

وشن الشعبي, في حوار مع صحيفة أخبار عدن, انتقادا ضد "البعض الذي يتوهم بأن الطريق إلى الانفصال هو رفع شعار الجنوب العربي! والحقيقة هي أن رفع هذا الشعار لا يؤدي إلا لشيء واحد وهو جعل من يرفعه بلا هوية وطنية".

واستبعد نجل أول رئيس لجنوب الوطن بعد رحيل الاستعمار البريطاني في 1967م أن يؤدي ذلك إلى انفصال الجنوب عن الشمال "حتى لو أن الجنوب لم يكن يوماً ما ذو هوية يمنية فإن هذا لا يؤدي إلى سحب المشروعية عن الوحدة اليمنية التي قامت في 22 مايو 1990 فالوحدة لم تكتسب مشروعيتها من كون الجنوب ذا هوية يمنية بل من خلال اتفاقيات وقعها ممثلو السلطتين القائمتين في عدن وصنعاء واعترفت بها كثير من دول العالم ومنظماتها العالمية والإقليمية".

ووجه حديثه لمن وصفهم بالانفصاليين ممن يرفعون شعار الجنوب العربي, "كونوا انفصاليين فلا أحد يستطيع أن يمنعكم أن تكونوا انفصاليين لكن احتفظوا بهويتكم اليمنية" متسائلا: من ذا الذي يتشرف بأن يكون بلا هوية وطنية؟.

ووصف نجيب قحطان الشعبي أن من يطالب بتحقيق الفيدرالية الآن في اليمن هو انفصالي في حقيقته, معتبرا إياها تدرجا إلى الانفصال, إذ الانفصال عن دولة اتحادية أسهل بالطبع من الانفصال عن دولة اندماجية أو ما يعرف بالدولة الموحدة.

وقال "إذا ما قسمت اليمن فيدرالياً إلى 4 أو5 ولايات مثلما يطالب البعض فإن هذا سيؤدي لاحقاً إلى تفتيت اليمن إلى 4 أو 5 دول مستقلة".

وذكّر الشعبي بزيارة الرئيس علي عبد الله صالح إلى عدن في نوفمبر 1989م حين طالب قيادتها السياسية بتحقيق اتحاد فيدرالي بين شطري اليمن, لكن علي سالم البيض- الرجل الأول بعدن, ورفاقه الجهابذة, حسب وصفه, في المكتب السياسي للحزب الاشتراكي كانت حساباتهم غلط حين أصروا على الوحدة الاندماجية الكاملة بين الشطرين باعتبارها ستتيح لهم فرض سيطرتهم وآليتهم على الشمال, لكن انقلب السحر على الساحر, على حد تعبيره.

وطالب ممن يريدون الفيدرالية ألا يلوموا الرئيس صالح عندما يرفض ذلك ولكن عليهم أن يلوموا البيض والعطاس ورفاقهما الذين أرادوها اندماجية, وفقا لما قاله.